ثبت اعتراض متقاضیان و پژوهشگران مستقل اعتراضات خود را در زمینه عملکرد کارگزاران و فرایندهای اجرایی این آیین نامه، از طریق سامانه به ستاد اعلام می کنند. ستاد موظف است حداکثر طی 3 ماه اعتراضات را بررسی و نتیجه را از طریق سامانه اعلام کند.